20180620_13-30-29

申请的 MIMIC III 数据库 今天终于通过了，下载发现一堆 csv.gz 大小也是惊人。所以自己一一个直接用表格数据导入 R 怕是不可能了，只能去用他们推荐的数据库管理了。

安装和配置

首先第一步就是用官方提供的 mimin-code 来构建数据库了。官方推荐 postgreSQL，那就用这个好了。

Debian 的话安装 postgresql 倒是没什么，直接 sudo apt install postgresql 就 KO 了。看了一下版本

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➜ psql --version
psql (PostgreSQL) 10.4 (Debian 10.4-2)

还是挺新的。很多基础的东西文档都已经覆盖，但是人懒就是没看，碰到问题查，感觉浪费的时间也不少。

安装完之后默认会创建 postgres 这个用户，然后我就 psql -U postgres 打算登录，结果报错：

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psql: FATAL:  Peer authentication failed for user "postgres"

上网查了一下就解决了。解决办法是 编辑 /etc/postgresql/10/main/pg_hba.conf 文件，将

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# Database administrative login by Unix domain socket
local   all             postgres                                peer

中 peer 改成 trust，然后 systemctl restart postgresql.service 重启下服务重载设置应该就能登录了。确保 posgres 用户可用之后就能直接用 mimic-code 提供的脚本构建数据库了，由于这个数据很大，构建数据库需要一会儿，可以先坐和放宽。

简单使用

现在只有 postgres 用户，数据我自己用，我们显然想自己的用户也是 super user 的。所以下面就是给我自己授权了。

首先 psql -U postgres 登录 postgres 用户，然后：

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CREATE USER user_name;
ALTER USER user_name SUPERUSER CREATEDB;
\du

就行了。这样我自己的 Linux 用户也能直接连接和管理数据库了。

以后要进入 mimic 数据库，直接 psql mimic 就行了。

值得注意的是，mimic-code 提供了很多 concepts，就是已经定义好的一些疾病和数据提取整理的数据库脚本。但是按照 README 里写的直接 make concepts 并不能直接生成这些数据，我自己就看了 Makefile，发现根本就没写 concepts 的规则，也难怪直接 make 不行。所以需要把 mimic-code/buildmimic/postgres/Makefile 复制一份到 mimic-code/concepts/，然后自己编辑加入 concepts 规则。具体做法倒很简单，直接把上面的那些规则复制一份然后改动具体调用的 sql 文件为当前目录下的 make-concepts.sql 就行了。 这个也不知道是 mimic-code 本来设置如此还是我搞错，但是反正黑猫白猫吧，那些物化视图我倒是都顺利生成了。

最后来看看 MIMIC III 里的数据的样子：

patients

嗯，很好，数据库建立完毕，剩下的就是怎么用数据库和数据怎么从数据库导入 R 分析的问题了。